PiMaps est une suite de nœuds Knime spécialement développés pour réaliser l’analyse des collections de produits chimiques Big Pharma. L’ensemble actuel de nœuds inclut des fonctionnalités pour facilement et rapidement :
- Cluster en un clin d’œil à des millions de composés provenant de grandes collections de produits chimiques pharmaceutiques.
- Visualiser et manipulezrles grandes collections pharmaceutiques sur Tree-Maps.
- Travailler de la même manière entre les grandes collections internes et externes.
- Calculer des ensembles de diversité représentatifs de collections entières.
- Enrichir et désorphaniser des séries de composés.
- Identifier des séries de composés hiérarchiquement.
- Diviser et fusionner les collections chimiques.
- Évaluer la densité de la série chimique.
Et beaucoup plus !
Les nœuds PiMaps réalisent une analyse à haut débit via un calcul parallèle basé sur CUDA, profitant de toute la puissance de calcul de vos unités de traitement de cartes graphiques (GPU).
Les nœuds PiMaps ont été réglés pour fonctionner avec des descripteurs chimiques binaires disponibles via Knime Cheminformatics Extensions mais son utilisation peut facilement être étendue à toute autre source de Big Data nécessitant une analyse intensive similaire (clustering de données WEB, cartographie, recherche, etc.)
Les nœuds PiMaps sont les suivants :
PiMaps Builder clusterise et visualise sur une carte 2D un ensemble de composés chimiques en fonction de leur similarité d’empreintes digitales. Le clustering est fait par une combinaison judicieuse de K-Means et Tree-Maps et il est accéléré par les GPU.
PiMaps Tree-Builder construit et visualise un dendrogramme basé sur la structure Tree-Map d’un PiMap. Le dendrogramme peut être divisé et coloré de façon interactive pour marquer des composés basés sur des sous-arbres.
PiMaps Similarity atteint une similarité extrêmement rapide basée sur le regroupement préliminaire des composés en PiMaps. La similarité peut être obtenue à l’intérieur ou entre des cartes contenant des collections de composés chimiques.
PiMaps Diversity rassemble des composés représentant la diversité d’une collection de produits chimiques. La collection a été précédemment regroupée sur un PiMap et la sélection variée est réalisée en rassemblant de manière circulaire les composés stockés dans les cellules de la carte.
PiMaps Enrichment ajoute des composés à une entrée de collection de produits chimiques à partir d’une deuxième source d’entrée de composés. L’enrichissement peut être réalisé pour améliorer la diversité et la densité.
Join PiMaps réalise différentes opérations sur des cartes :
- Full – Joint deux cartes préservant le contenu des cellules de la carte mais générant une nouvelle topologie de la carte.
- Partial – Projette les composés d’une première carte sur une seconde carte en conservant la dernière topologie.
Split PiMaps crée deux cartes distinctes à partir de la division d’une carte en entrée. Le dédoublement préserve le regroupement des composés des cellules PiMap initiales.
Vous pouvez me contacter par le biais de ma page de contact si vous êtes intéressé par mon cours sur ce sujet.